Năm 2199, Trái Đất bị đế chế Gamilas từ ngoài vũ trụ xâm lược và phá hoạt. Nhân loại còn 1 năm trước khi bị tuyệt diệt. Mọi hy giờ đây đổ dồn vào cuộc hành trình vượt 168,000 năm ánh sáng đến hành tinh Iskanda của tàu Yamato. Để tìm kiếm công nghệ cứu Trái Đất và kết thúc cuộc chiến.