Phim Đại Hỏa Kyoto kể về Kenshin nhận được một thỉnh cầu chống lại Shishio Makoto - một tên ác ma đang âm mưu lật đổ tân chính phủ. Đất nước đang trong tình trạng ngàn cân treo sợi tóc và cậu phải làm sao khi đã thề với bản thân sẽ không bao giờ sát hại bất cứ ai?