Câu chuyện đầu tiên là điều tra vụ giết thủ tướng, cùng lúc kết nối với sự kiện đại sứ quán bị khủng bố. Trong quá trình đi điều tra để tìm mấu gắn kết hai sự kiện cùng lúc ấy, trong quá trình điều tra tổ đội đặc biệt của thiếu tá Kusanagi phát hiện ra nhiều bí mật động trời xoay quanh con virus Fire Starter, cùng sự thật sau cái chết của thủ tướng.