Misato và nhóm chống Nerv của cô ấy Wille đến Paris, một thành phố bây giờ chìm trong màu đỏ sau quá trình phi hạt nhân hóa. Phi hành đoàn từ tàu Wunder hạ cánh trên một tháp ngăn chặn. Họ chỉ có 720 giây để khôi phục thành phố. Khi một đám Nerv Evas xuất hiện, Đơn vị Eva 8 cải tiến của Mari phải đánh chặn. Trong khi đó, Shinji, Asuka và Rei (tên tạm thời) đi vô định quanh Nhật Bản.