Ngay sau thành công khi tái đắc cử vào ghế thủ lĩnh, thống đốc Tokyo đã phải đối mặt với một lá thư đe dọa mang đầy thù hận. Một ngày tiếp theo, chính thống đốc Tokyo, nguyên Bộ trưởng Bộ Xây dựng – Vận Tải Nhật Bản, là nạn nhân trong vụ tai nạn kinh hoàng làm nổ tàu điện ngầm trên hệ thống mới được hoàn thành. Vậy là sở cảnh sát Tokyo cùng Conan phải lao vào cuộc điều tra đầy thử thách để tìm ra thủ phạm vụ ám sát...